La storia di Pomponesco è intrecciata con importanti eventi che ne hanno segnato l'evoluzione nel corso dei secoli. Nel II secolo d.C., i Romani si insediarono nelle fertili pianure padane, già abitate dagli Etruschi e dai Galli. Un segno tangibile di questo periodo è un sarcofago con un'iscrizione dedicata a una figlia diciannovenne della nobile famiglia Pompea, ritrovato nel XVI secolo a Pomponesco e ora conservato nel palazzo Ducale di Mantova.
Intorno all'anno 1000, il territorio di Pomponesco era sotto il controllo dei monaci benedettini di Leno, situati nella zona di Brescia. Nel 1077, si trova documentata la presenza della famiglia d'Este di Ferrara come proprietaria di queste terre, mentre un documento del 1145 le assegna al vescovo di Cremona.
Il 1280 vide la costruzione dell'argine "di dietro" del fiume Po a seguito di una devastante inondazione, atto che segnò un momento cruciale per la protezione della zona. Nel 1339, le terre di Pomponesco e dei comuni circostanti passarono sotto il controllo dei Gonzaga, la potente famiglia signorile di Mantova.
Nel 1478, alla morte di Ludovico II Gonzaga, Pomponesco e le terre oltre l'Oglio divennero parte del ramo cadetto dei Gonzaga di Gazzuolo e Bozzolo. In questo periodo, Pomponesco era abitato principalmente da agricoltori, cordai e conciatori, le cui attività contribuivano alla vita economica e sociale del luogo.
Il 1579 rappresenta una svolta significativa per Pomponesco. Il marchese Giulio Cesare Gonzaga, figura del Rinascimento come il suo brillante cugino Vespasiano, signore di Sabbioneta, decise di trasformare Pomponesco nella sua "città ideale". Ciò portò a una riorganizzazione urbanistica che modificò radicalmente l'aspetto del borgo. Il castello esagonale divenne la residenza del principe, attorno al quale si sviluppò l'architettura squadrata tipica dei borghi gonzagheschi. Nel 1580, Pomponesco fu elevata a contea per i meriti acquisiti da Giulio Cesare Gonzaga presso l'imperatore Rodolfo II, e iniziò a coniare moneta nella propria zecca. Tuttavia, nel 1593, Giulio Cesare trasferì la sua corte a Bozzolo, avviando così il declino di Pomponesco, accelerato dalla crisi della navigazione sul Po.
Con la fine del dominio gonzaghese nel 1707, anche la contea di Pomponesco perse la sua importanza, passando sotto il dominio austriaco. A partire dalla fine del XVIII secolo, il commercio di granaglie e bestiame, insieme al traffico fluviale, attrassero a Pomponesco famiglie ebree, come quella dello scrittore Alberto Cantoni (1841-1904).
Nel 1818, i mattoni del castello ormai in rovina furono utilizzati per rinforzare l'argine del Po, un gesto che simboleggia la storia e le trasformazioni di Pomponesco nel corso dei secoli. Questo antico borgo, con le sue radici romane e la sua storia legata ai Gonzaga, rimane un luogo ricco di fascino e storia nella provincia di Mantova.
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Il castello fu edificato a pianta esagonale da Giulio Cesare Gonzaga al momento del suo insediamento nel feudo, intorno al 1570, diventando la propria residenza. Attorno all'edificio sorsero simmetricamente piazze e strade, come da desiderio del signore, che ne voleva fare la "città ideale" sul modello di Sabbioneta di Vespasiano Gonzaga. Fu il periodo di maggior splendore del paese, tanto che il duca Vincenzo I Gonzaga, capo della dinastia Gonzaga, sostenne economicamente nell'edificazione, elevando anche queste terre al rango di contea nel (1593).
Il castello era dotato di porticati, giardini e sale arricchite con marmi e affreschi. L'area del castello, recintata da mura, comprendeva al proprio interno la chiesa e la zecca, una delle strutture minori dello stato gonzaghesco, ma non meno importante.
Nel 1593 Giulio Cesare si stabilì a Bozzolo e per il borgo iniziò una lenta decadenza. Dopo la dominazione gonzaghesca il paese passò agli austriaci e agli inizi dell'Ottocento il castello fu definitivamente demolito. Dell'antica struttura sono sopravvissuti solo gli edifici delle scuderie.
Una vecchia foto della piazza.